Nel corso dei primi cicli di programmazione delle politiche di coesione, ed in particolare quello relativo al periodo 2007-2013, si era evidenziata la insoddisfacente capacità delle amministrazioni pubbliche, in particolare di quelle regionali, di utilizzare le risorse dei fondi strutturali messe a disposizione dall'Unione europea, con il conseguente rischio di disimpegno di quota parte delle risorse disponibili.

Il D.L. n. 78 del 2010, all'art. 7, comma 26, aveva attribuito al Presidente del Consiglio le funzioni in tema politiche di coesione. La definizione del quadro di governance istituzionale per le politiche di coesione è stata poi definita dall'articolo 10 del D.L. n. 101 del 2013 che, all'inizio della XVII legislatura, aveva affidato alla Presidenza del Consiglio dei Ministri e alla Agenzia per la coesione territoriale - sottoposta alla vigilanza del Presidente del Consiglio - l'azione di programmazione, coordinamento, sorveglianza e sostegno della politica di coesione.

L'operazione si è concretizzata con il trasferimento delle suddette competenze dal Ministero dello sviluppo economico (dall'allora Dipartimento per le politiche di sviluppo) alla Presidenza del Consiglio dei ministri, nell'ambito della quale è stato costituito (con tre D.P.C.M. datati 15 dicembre 2014) l'attuale Dipartimento per le politiche di coesione (DPCoe).

Nel quadro delle attribuzioni del Presidente del Consiglio dei Ministri (o del Ministro delegato per la politica di coesione), e principalmente per accelerare l'utilizzo dei fondi strutturali della programmazione 2007-2013, che erano allora a rischio disimpegno automatico, è stata data per la prima volta la facoltà al Governo di sostituirsi all'amministrazione inerte o inadempiente responsabile degli interventi, anche attraverso la nomina di un commissario straordinario, nei casi di mancata attuazione dei programmi e dei progetti cofinanziati con fondi strutturali europei e di sottoutilizzazione dei relativi finanziamenti (D.L. n. 69 del 2013, articolo 9).

I poteri sostitutivi sono stati ulteriormente precisati con il D.L. n. 133/2014 (art. 12), ponendoli esplicitamente in capo alla figura del Presidente del Consiglio dei Ministri, al quale è stato altresì attribuito:

• la facoltà di proporre al CIPE, sentita la Conferenza unificata, il definanziamento e la riprogrammazione delle risorse non impegnate qualora le amministrazioni pubbliche responsabili si siano rese responsabili di inerzia, ritardo o inadempimento dell'attuazione di piani, programmi ed interventi cofinanziati dall'Unione europea, ovvero dell'utilizzo dei fondi nazionali per le politiche di coesione,
• l'esercizio dei poteri ispettivi e di monitoraggio, tesi all'accertamento del rispetto della tempistica e degli obiettivi dei piani, programmi e interventi finanziati dai fondi strutturali o dal Fondo per lo sviluppo e la coesione.

Dopo che nel Governo Renzi (2014-2016) la delega per le politiche di coesione territoriale era stata attribuita ad un sottosegretario di Stato alla Presidenza del Consiglio, nel 2016 (Governo Gentilioni), il Mezzogiorno è tornato formalmente ad avere un Ministro ad esso dedicato senza portafoglio, al quale è stata conferita la delega in materia di politiche per la coesione territoriale e per gli interventi finalizzati allo sviluppo del Mezzogiorno (D.P.C.M. 26 gennaio 2017).

Il Ministro ha poi assunto la denominazione di "Ministro per il Sud" (Primo Governo Conte),  "Ministro per il Sud e la Coesione territoriale" (Secondo Governo Conte e Governo Draghi) e, infine, "Ministro per gli affari europei, il Sud, le politiche di coesione e il PNRR" (Governo Meloni).

In sintesi, al Ministro per il Sud e la Coesione territoriale è delegato (cfr. DPCM 12 novembre 2022):

• l'esercizio delle funzioni di coordinamento, indirizzo, promozione d'iniziative, anche normative, di vigilanza e verifica,
• ogni altra funzione già attribuita dalle vigenti disposizioni al Presidente del Consiglio dei ministri o al Ministro delegato per la coesione, relativamente alla materia delle politiche per la coesione territoriale, il Piano nazionale di ripresa e resilienza, nonché per gli interventi finalizzati allo sviluppo del Mezzogiorno.

All'Agenzia per la coesione territoriale, costituita dall'articolo 10 del D.L. n. 101/2013, sottoposta alla vigilanza del Presidente del Consiglio (o del Ministro delegato), è stata affidata l'azione di programmazione coordinamento, sorveglianza e sostegno della politica di coesione. Da ultimo, come si dirà in seguito, a decorrere dal 1° dicembre 2023, l'Agenzia è stata soppressa e l'esercizio delle relative funzioni è stato attribuito al Dipartimento per le politiche di coesione della Presidenza del Consiglio dei Ministri (art. 50 del D.L. n. 13 del 2023).

L'Agenzia era dotata di uno Statuto, approvato con Decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri in data 9 luglio 2014. Con due successivi D.P.C.M. sono stati approvati il Regolamento di organizzazione dell'Agenzia (D.P.C.M. 7 agosto 2015) e il Regolamento di contabilità dell'Agenzia per la coesione territoriale (D.P.C.M. 7 agosto 2015). 

Le competenze dell'Agenzia, ora trasferite al Dipartimento per la coesione, con riferimento sia ai Fondi Strutturali Europei che al Fondo per lo Sviluppo e la Coesione, sono le seguenti (D.L. n. 86/2018, articolo 4-ter, co. 3):

• assicura, in raccordo con le amministrazioni competenti, la sorveglianza, il monitoraggio e il controllo di tutti i programmi operativi e di tutti gli interventi della politica di coesione, vigilando altresì sull'attuazione dei programmi medesimi e sulla realizzazione dei progetti che utilizzano risorse della politica di coesione;
• assicura il supporto alle attività della Presidenza del Consiglio dei ministri;
• fornisce assistenza tecnica alle amministrazioni che gestiscono programmi europei o nazionali, anche con riferimento alla formazione del personale delle amministrazioni interessate;
• sostiene la realizzazione dei programmi con azioni di accompagnamento alle amministrazioni titolari, promuovendo il ricorso ai Contratti Istituzionali di Sviluppo e l'attivazione dell'Agenzia nazionale per l'attrazione degli investimenti e lo sviluppo d'impresa - Invitalia Spa, in qualità di centrale di committenza;
• propone, ai fini dell'adozione da parte della Presidenza del Consiglio, le necessarie misure di accelerazione degli interventi e dà esecuzione alle determinazioni assunte ai fini dei poteri sostitutivi, in caso di inerzia o inadempimento delle amministrazioni pubbliche responsabili degli interventi, per evitare il disimpegno dei fondi europei, ai sensi dell'articolo 6, comma 6, del medesimo D.Lgs. n. 88/2011;
• promuove, il miglioramento della qualità, della tempestività, dell'efficacia e della trasparenza delle attività di programmazione e attuazione degli interventi;
• può assumere le funzioni dirette di autorità di gestione di programmi finanziati con le risorse della politica di coesione e per la conduzione di specifici progetti avvalendosi a tal fine di Invitalia Spa,

Ai sensi dell'articolo 44, comma 1, del D.L. n. 34 del 2019, al fine di migliorare il coordinamento unitario e la qualità degli investimenti finanziati, nonché di accelerarne la spesa, l'Agenzia per la coesione territoriale ha proceduto, sentite le amministrazioni interessate, ad una riclassificazione degli strumenti di intervento finanziati con le risorse nazionali destinate alle politiche di coesione dei cicli di programmazione FSC 2000/2006, 2007/2013 e 2014/2020 (quali patti territoriali, programmi operativi, ecc), al fine di sottoporre all'approvazione del CIPE, su proposta del Ministro per il Sud e la coesione territoriale, un unico Piano operativo per ciascuna amministrazione denominato «Piano sviluppo e coesione», caratterizzato da modalità unitarie di gestione e monitoraggio.

I Piani di Sviluppo e Coesione per ciascuna delle Amministrazioni centrali e regionali titolari delle risorse del FSC sono stati approvati nel corso del 2021.

E' poi intervenuto l'articolo 60 del D.L. n. 77 del 2021, che, al fine di rafforzare il ruolo dell'Agenzia per la coesione territoriale, ha modificato l'art. 12 del D.L. n. 133 del 2014 prevedendo che:

• per l'esercizio dei poteri ispettivi e di monitoraggio sullo stato dei programmi finanziati dall'UE o dal Fondo per lo sviluppo e la coesione, il Presidente del Consiglio dei ministri o il Ministro delegato per il Sud e la coesione territoriale, possa avvalersi dell'Agenzia per la coesione territoriale (oltre che delle amministrazioni centrali);
• i poteri sostitutivi possono essere esercitati dal Presidente del Consiglio dei Ministri o dal Ministro delegato, per il tramite dell'Agenzia per la coesione territoriale. L'Agenzia, inoltre, può assumere le funzioni di soggetto attuatore, avvalendosi di una centrale di committenza ai fini dell'effettiva realizzazione degli interventi.

Ai fini della definizione del nuovo quadro di governance per le politiche di coesione 2014-2020, con il D.L. n. 101 del 2013 è stato disposto il trasferimento delle competenze dell'allora Dipartimento per le politiche di sviluppo (DPS) del Ministero dello sviluppo economico alla Presidenza del Consiglio dei ministri. Il trasferimento si è completato a dicembre 2014, con l'istituzione nell'ordinamento della Presidenza del Consiglio del Dipartimento per le politiche di coesione, responsabile del coordinamento e della programmazione della politica di coesione, e con il trasferimento dal Dipartimento delle politiche di sviluppo del MISE delle risorse umane, finanziarie e strumentali (cfr, i tre D.P.C.M. 15 dicembre 2014).

Il Dipartimento per le politiche di coesione, struttura di supporto al Presidente del Consiglio dei ministri o al Ministro delegato, cura il raccordo con le istituzioni dell'Unione europea e le Amministrazioni statali e regionali, per la predisposizione della programmazione economica e finanziaria e la destinazione territoriale delle risorse, con riferimento all'impiego dei fondi dell'Unione europea per la coesione e delle risorse nazionali del Fondo per lo sviluppo e la coesione (FSC).

Il Dipartimento promuove e coordina i programmi e gli interventi finanziati con tali strumenti, raccoglie ed elabora le informazioni e i dati relativi alla loro attuazione, coordina le connesse attività di valutazione, elabora proposte di atti deliberativi al CIPE per le attività di competenza. Svolge, inoltre, attività di sorveglianza sull'attuazione delle politiche di coesione e vigila sull'Agenzia per la coesione territoriale. Al fine di assicurare l'efficace utilizzo delle risorse, cura l'istruttoria per l'esercizio dei poteri sostitutivi (art.12 D.L. n.133/2014). Spetta, infine, a tale struttura il coordinamento e l'attivazione dello strumento del Contratto Istituzionale di Sviluppo (CIS).

Il Dipartimento risulta organizzato in un unico Ufficio di livello dirigenziale generale (Ufficio per le politiche di coesione), articolato a sua volta in due servizi: il Servizio Analisi, definizione delle politiche e della programmazione ed il Servizio Rilevazioni informative, open coesione, misure straordinarie per l'attuazione, nonché supporto giuridico e gestione strumenti normativi.

Da ultimo, l'articolo 50 del D.L. 24 febbraio 2023, n. 13 (in corso di conversione in legge)  nel disporre la soppressione dell'Agenzia per la coesione territoriale, ha attribuito l'esercizio delle relative funzioni  al Dipartimento per le politiche di coesione della Presidenza del Consiglio dei Ministri, che succede a titolo universale in tutti i rapporti attivi e passivi al predetto ente e ne acquisisce le risorse umane, strumentali e finanziarie con conseguente incremento della dotazione organica della Presidenza del Consiglio dei Ministri.Conseguentemente, con apposito DPCM si provvederà alla riorganizzazione del Dipartimento per le politiche di coesione.

La legge di stabilità 2015 (legge n. 190 del 2014, comma 703), nel ridefinire le procedure programmatorie ed operative relativamente alle risorse del Fondo per lo sviluppo e la coesione (FSC) per il ciclo 2014-2020, ha previsto l'istituzione di un ulteriore soggetto, sede di partenariato tra le varie istituzioni, che riveste un ruolo centrale della programmazione del Fondo.

La Cabina è stata istituita con il D.P.C.M. 25 febbraio 2016 ed è composta dai rappresentanti delle amministrazioni interessate e delle Regioni e delle Province autonome di Trento e di Bolzano.

Il ruolo della Cabina di regia è stato confermato dalla legge di bilancio 2021 (legge n. 178/2020, art. 1, co. 178), con riferimento alla programmazione delle risorse del FSC 2021-2027.

In particolare, è stato assegnato alla Cabina di regia il compito di definire i Piani di Sviluppo e Coesione del ciclo 2021-2027, ai fini della successiva approvazione da parte del CIPE, che rappresentano l'unico strumento programmatorio delle risorse del Fondo.

A seguito del riordino del Nucleo tecnico di valutazione degli investimenti, operato con il D.L n. 101/2013, il Nucleo era stato suddiviso in due strutture: il Nucleo di valutazione e analisi per la programmazione (NUVAP), costituito presso il Dipartimento per le Politiche di Coesione della Presidenza del Consiglio dei ministri, e il Nucleo di verifica e controllo (NUVEC), costituito presso l'Agenzia per la coesione territoriale.

Il NUVAP interviene in ordine alle attività di valutazione delle politiche e dei progetti di sviluppo socio-economico e territoriale, di coordinamento del Sistema nazionale di valutazione della politica regionale e di verifica e monitoraggio del rispetto del principio di addizionalità comunitaria. Effettua inoltre analisi e supporto tecnico finalizzati all'implementazione di indicatori e meccanismi premiali nonché un supporto alle amministrazioni nei rapporti con gli organi delle istituzioni internazionali in tema di valutazione e analisi statistica delle politiche di sviluppo territoriali.

Il NUVEC ha funzioni in tema di verifiche, anche con successiva emissione di rapporti ed eventuali proposte di revoca del finanziamento, sull'attuazione dei programmi e dei progetti d'investimento delle Amministrazioni, enti e soggetti operanti con finanziamento pubblico; esercita inoltre funzioni di audit al fine della correttezza e regolarità della spesa e di proposta delle iniziative da adottare per la rimozione degli ostacoli all'attuazione ed all'accelerazione della spesa.

Per effetto della soppressione dell'Agenzia per la coesione territoriale disposta dall'articolo 50 del D.L. 24 febbraio 2023, n. 13 (in corso di conversione in legge) il NUVAP, entro 90 giorni dalla data di entrata in vigore del decreto legge, sarà riorganizzato e rinominato Nucleo per le politiche di coesione (NUPC): ad esso sono trasferite le funzioni e le attività precedentemente attribuite al NUVEC.

Il NUPC sarà costituito da un massimo i 40 componenti (rispetto ai 32 del NUVAP e ai 30 del NUVEC).

Il nuovo quadro di programmazione delle risorse del Fondo per lo sviluppo e la coesione per il ciclo 2021-2027, definito dall'art. 1, commi 177-178, della legge n. 178/2020 (legge di bilancio 2021), mantiene in capo al CIPESS (nuova definizione assunta dal CIPE a decorrere dal 2021, ai sensi dell'art. 1- bis del decreto-legge 14 ottobre 2019, n. 111) di provvedere, con apposite delibere, alla programmazione e alla ripartizione della dotazione finanziaria del Fondo per lo sviluppo e la coesione tra le diverse aree tematiche nazionali; di approvare i piani operativi definiti dalla Cabina di regia e proposti, anche singolarmente, dall'Autorità politica per la coesione.

L'Ispettorato Generale per i Rapporti finanziari con l'Unione europea (IGRUE), si occupa di coordinare e gestire gli aspetti di carattere finanziario che scaturiscono dalla partecipazione dell'Italia all'Unione Europea. Esso svolge le attività connesse al processo di formazione ed esecuzione del bilancio comunitario, all'analisi e studio dei dati di attuazione degli interventi cofinanziati dei fondi strutturali europei.

Il quadro di programmazione delle risorse del Fondo per lo sviluppo e la coesione per il ciclo 2014-2020, definito dall'art. 1, commi 703-706, della legge n. 190/2014 (stabilità 2015), ha stabilito, per quanto riguarda la gestione delle risorse del Fondo del periodo 2014-2020, il trasferimento degli stanziamenti iscritti in bilancio del Fondo per lo sviluppo e la coesione in una apposita contabilità speciale, aperta presso il Fondo di rotazione per l'attuazione delle politiche nazionali, istituito dalla legge n. 183 del 1987, presso il Ministero dell'economia e delle finanze - RGS, gestito dall'IGRUE.

La gestione delle risorse presso il Fondo IGRUE è stata confermata anche per il ciclo FSC 2021-2027 dalla legge di bilancio 2021 (art. 1, comma 178, L. n, 178/2020).

La contabilità relativa al FSC va ad aggiungersi alle altre contabilità speciali, già presenti, attraverso le quali il Fondo di rotazione gestisce le risorse dei Fondi strutturali, sia quelle nazionali di cofinanziamento sia quelle provenienti dall'Unione europea attraverso separati conti correnti di tesoreria, nonché i fondi del Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza (PNRR).

Il Fondo provvede ad erogare alle amministrazioni pubbliche ed agli operatori pubblici e privati le quote di finanziamento a carico del bilancio dello Stato per l'attuazione dei programmi di politica comunitaria, nonché a concedere ai soggetti titolari delle azioni comprese nei programmi suddetti anticipazioni a fronte dei contributi spettanti a carico del bilancio dell'Unione europea.

Il Fondo IGRUE gestisce anche le risorse del Piano di Azione Coesione (2007-2013), dei Programmi operativi complementari (2014-2020) e dei Programmi complementari (2021-2027), trattandosi di disponibilità che originariamente erano considerate nella quota generale di cofinanziamento nazionale.