L'obiettivo principale del Protocollo su acqua e salute è la promozione, a livello nazionale, transnazionale e internazionale, della protezione della salute umana e del benessere individuali e collettivi attraverso il miglioramento della gestione delle acque, la protezione degli ecosistemi, la prevenzione, il controllo e la riduzione delle malattie connesse all'acqua in un quadro di sviluppo sostenibile (articolo 1).

Le disposizioni del Protocollo devono essere applicate, ai sensi dell'articolo 3, alle acque superficiali, sotterranee, agli estuari, alle acque costiere destinate ad usi ricreativi, all'acquacoltura e alla molluschicoltura, alle acque interne generalmente disponibili per la balneazione, alle acque estratte, trattate e fornite per usi diversi (idropotabile, industriale, irriguo) e alle acque reflue. In generale quindi, sulla base di quanto disposto dall'articolo 4, le Parti sono tenute ad assumere misure appropriate finalizzate a prevenire, controllare e ridurre le malattie connesse all'acqua e adottare sistemi integrati di gestione delle acque finalizzati ad un uso sostenibile delle risorse idriche, a livello locale-regionale, ad una qualità delle acque che non metta in pericolo la salute umana e alla protezione degli ecosistemi acquatici.

A tale scopo, le Parti dovranno prendere misure adeguate per assicurare:

a) adeguate forniture di acqua potabile libera da ogni microrganismo, parassita e sostanza che costituiscano, in relazione alla loro numerosità o concentrazione, un potenziale pericolo per la salute umana. Ciò dovrà comprendere la protezione delle risorse idriche usate come fonti di acqua potabile, il trattamento delle acque e la costruzione, il miglioramento e la manutenzione di sistemi di collettamento (articolo 4, paragrafo 2, lettera b);

b) servizi igienici adeguati a garantire un sufficiente livello di protezione della salute umana e dell'ambiente contro patologie connesse con l'utilizzo dell'acqua (articolo 4, paragrafo 2, lettera d);

c) l'effettiva protezione delle risorse idriche usate come fonti di acqua potabile e dei relativi ecosistemi dall'inquinamento derivante dall'agricoltura, dalle industrie o dallo scarico o dall'emissione di sostanze ritenute pericolose per la salute umana e per l'ambiente (articolo 4, paragrafo 2, lettera c);

d) sufficiente salvaguardia e tutela della salute umana dalle malattie che possono derivare da attività ricreative acquatiche, dall'uso di acqua per scopi agricoli, da acqua con cui sono allevati i crostacei o dall'uso di acque reflue per irrigazioni agricole (articolo 4, paragrafo 2, lettera d);

e) effettivi sistemi per il monitoraggio di situazioni che potrebbero causare il manifestarsi di malattie trasmissibili attraverso l'acqua (articolo 4, paragrafo 2, lettera e).

Ai sensi dell'articolo 6 (Obiettivi e date di realizzazione), le Parti dovranno garantire l'accesso all'acqua potabile per tutti e la fornitura di servizi di raccolta e depurazione per tutti.

Per raggiungere tali finalità, le Parti contraenti dovranno stabilire obiettivi locali e nazionali da raggiungere e mantenere per assicurare un alto livello di protezione contro le malattie connesse all'acqua.

Tali obiettivi dovranno inoltre essere rivisti, aggiornati periodicamente e pubblicati da ciascuna Parte contraente, entro due anni dalla data della ratifica del Protocollo.

Ai sensi dell'articolo 7 (Esame e valutazione dei progressi), le Parti dovranno invece raccogliere e valutare dati relativi:

a) agli indicatori di processo e di risultato verso il raggiungimento degli obiettivi generali o specifici di cui all'articolo 6, paragrafo 2, nel rispetto della normativa nazionale vigente (decreto legislativo 2 febbraio 2001, n. 31, recante attuazione della direttiva 98/83/CE relativa alla qualità delle acque destinate al consumo umano);

b) agli indicatori destinati a valutare in che misura tali progressi contribuiscano alla prevenzione, al controllo e alla riduzione delle malattie trasmissibili attraverso l'acqua.

Le Parti dovranno pubblicare periodicamente i risultati della raccolta dei dati e le proprie valutazioni e renderli successivamente accessibili al pubblico.

Inoltre, ogni Parte fornirà al Segretariato della Commissione economica delle Nazioni Unite per l'Europa un resoconto dei dati raccolti e valutati.

Ai sensi dell'articolo 8 (Sistemi di risposta), le Parti dovranno assicurare che:

a) vengano stabiliti, migliorati o mantenuti sistemi di sorveglianza e di primo allarme, a livello nazionale o locale, per: 1) identificare l'insorgenza di malattie connesse all'acqua a causa di incidenti o eventi climatici estremi; 2) notificare tali problemi, prontamente e in maniera chiara, alle autorità pubbliche, competenti per materia; 3) fornire raccomandazioni alle autorità pubbliche e, se del caso, al pubblico in merito ad azioni preventive e di risposta, ai sensi della normativa nazionale o localeregionale.

b) esaurienti piani di emergenza a livello nazionale e locale permettano di rispondere agli incidenti e ai rischi a loro connessi;

c) le autorità pubbliche competenti abbiano la capacità necessaria per far fronte a tali eventi.

I sistemi previsti alla lettera a) dovranno essere istituiti entro tre anni dalla ratifica del Protocollo dopo aver ottenuto il parere delle autorità di garanzia a livello nazionale per la programmazione economica (Comitato interministeriale per la programmazione economica e lo sviluppo sostenibile).

Le Parti, in accordo con le disposizioni dell'articolo 9 (Sensibilizzazione pubblica, istruzione, formazione, ricerca e sviluppo e informazione), dovranno favorire la giusta conoscenza e consapevolezza da parte del pubblico sui contenuti specifici del Protocollo.

A norma dell'articolo 10 (Informazioni al pubblico), le Parti dovranno inoltre garantire e facilitare l'accesso del pubblico a tutti i dati e alle valutazioni cui si è fatto riferimento agli articoli 6 e 7.

Ai sensi degli articoli 11 e 12 (Cooperazione internazionale e Azione internazionale congiunta e coordinata), le Parti contraenti dovranno cooperare e, ove opportuno, prestarsi mutua assistenza, principalmente secondo le raccomandazioni delle decisioni o proposte normative, a livello europeo, al fine di: facilitare il raggiungimento degli obiettivi del Protocollo attraverso azioni internazionali di supporto; definire gli obiettivi per le materie di cui all'articolo 6, paragrafo 2, del Protocollo;

• sviluppare gli indicatori di qualità necessari a dimostrare il progresso e il miglioramento raggiunti nel campo della prevenzione, del controllo e della riduzione delle malattie trasmissibili attraverso l'acqua;
• istituire sistemi coordinati o comuni di sorveglianza, di allarme rapido e di mutua assistenza in caso di epidemie o malattie collegate a incidenti di inquinamento delle acque o a eventi climatici estremi;
• costituire sistemi informativi integrati e banche di dati per lo scambio di informazioni e la condivisione di esperienze tecnico-giuridiche;
• sostenere l'attuazione di piani nazionali e locali conformemente a quanto previsto dal Protocollo.

A norma dell'articolo 13 (Cooperazione relativa alle acque transfrontaliere), le Parti dovranno:

prevenire, controllare e ridurre gli effetti transfrontalieri delle malattie trasmissibili attraverso l'acqua, mediante l'utilizzo di fonti informative già esistenti, che raccolgano dati di variabili condivise a livello nazionale e locale-regionale, tenendo conto dell'analisi del rischio e dell'impatto di tali malattie sulla sostenibilità a livello territoriale, correlata all'adozione e attuazione di piani di sorveglianza già operativi al momento dell'adozione del Protocollo; 

• sviluppare piani di gestione delle acque transnazionali, preferibilmente sulla base delle aree di captazione e di raccolta delle acque superficiali e sotterranee;
• creare un'idonea sede di consultazione, finalizzata alla condivisione delle conoscenze nel settore specifico dell'effetto dell'inquinamento delle acque sulla salute umana con competenze intersettoriali, per aggiornare le evidenze scientifiche nella sanità pubblica umana, alimentare e ambientale, tramite atti normativi e disposizioni già esistenti a livello nazionale e locale/regionale, senza ulteriore aggravio di spesa a livello degli enti partecipanti a tale gruppo.

In base all'articolo 14 (Sostegno internazionale alle azioni nazionali), le Parti dovranno principalmente:

• promuovere la preparazione dei piani di gestione delle acque e di schemi per migliorare la gestione in sicurezza degli approvvigionamenti idrici, delle reti fognarie e degli impianti di trattamento delle acque reflue;
• istituire sistemi di sorveglianza e allarme rapido; predisporre il quadro legislativo necessario per l'attuazione degli obblighi previsti dal Protocollo; promuovere e sviluppare corsi di formazione in favore di funzionari e tecnici locali; ricercare e sviluppare strumenti di valutazione del rapporto costi-efficacia e tecniche per la prevenzione, il controllo e la riduzione delle malattie trasmissibili attraverso l'acqua; 
• istituire una rete per il monitoraggio e la valutazione della qualità dei servizi connessi all'acqua e delle attività di comparazione tra i laboratori.

Ai sensi dell'articolo 15 il controllo dell'osservanza delle disposizioni è demandato alle Parti.

L'articolo 16 riguarda le riunioni delle Parti e gli obiettivi delle riunioni stesse.

L'articolo 17 disciplina le funzioni del Segretariato per l'attuazione del Protocollo.

Gli articoli da 18 a 26 riguardano disposizioni di tipo procedurale: l'articolo 18 stabilisce i termini e le procedure per la modifica del Protocollo; l'articolo 19 disciplina il diritto di voto; l'articolo 20 definisce le modalità di composizione delle controversie; l'articolo 21 enuncia le modalità di sottoscrizione del Protocollo; l'articolo 22 contiene le disposizioni riguardanti la ratifica, accettazione, approvazione o adesione al Protocollo; l'articolo 23 regola l'entrata in vigore del Protocollo; l'articolo 24 disciplina l'eventuale denuncia del Protocollo; l'articolo 25 individua nel Segretario Generale delle Nazioni unite il depositario del Protocollo; l'articolo 26 determina le formulazioni linguistiche dei testi del Protocollo facenti fede e dispone il loro deposito presso il Segretario Generale delle Nazioni Unite.

L'articolo 1 del disegno di legge di ratifica autorizza il Presidente della Repubblica  a ratificare il Protocollo su acqua e salute della Convenzione del 1992 sulla protezione e l'utilizzazione dei corsi d'acqua transfrontalieri e dei laghi internazionali, fatto a Londra il 17 giugno 1999.

L'articolo 2 reca l'ordine di esecuzione del Protocollo, a decorrere dalla data della sua entrata in vigore, in conformità a quanto disposto dall'articolo 23 del Protocollo stesso.

L'articolo 3 contiene la clausola di invarianza finanziaria, secondo cui dall'attuazione della legge non devono derivare nuovi o maggiori oneri a carico della finanza pubblica; le amministrazioni competenti svolgono le attività previste dalla presente legge con le risorse umane, finanziarie e strumentali disponibili a legislazione vigente.

L'articolo 4 disciplina l'entrata in vigore della legge di ratifica, il giorno successivo a quello della sua pubblicazione nella Gazzetta Ufficiale.