L'Unione europea ed il Giappone hanno una lunga tradizione di cooperazione politica, economica e settoriale: tale cooperazione è stata istituzionalizzata in un primo accordo partenariato strategico, siglato dalle Parti nel 2001 e venuto a scadenza nel 2011. I negoziati per un nuovo Accordo sono iniziati nell'aprile 2013 e si sono conclusi nell'aprile 2018. Il 29 novembre 2012 il Consiglio ha adottato una decisione per autorizzare la Commissione europea e l'Alto rappresentante dell'Unione per gli affari esteri e la politica di sicurezza a negoziare un accordo quadro tra l'Unione europea e i suoi Stati membri, da una parte, e il Giappone, dall'altra. I negoziati, iniziati nell'aprile 2013, si sono conclusi nell'aprile 2018. In aggiunta al testo finale dell'Accordo, il 27 aprile 2018 la Commissione ha presentato al Consiglio una proposta di decisione del Consiglio relativa alla firma, a nome dell'Unione europea, e all'applicazione provvisoria dell'Accordo di partenariato tra l'Unione europea (e i suoi Stati membri) e il Giappone, Tale proposta di decisione è stata adottata dal Consiglio lo scorso 15 giugno 2018.

In considerazione della natura mista dell'Accordo, al fine di consentirne la sottoscrizione da parte dell'UE in occasione del Summit UE-Giappone, si è resa necessaria una cerimonia di pre-firma dell'Accordo da parte degli Stati membri dell'UE, avvenuta in occasione del COREPER dello scorso 4 luglio 2018. A tal fine sono stati concessi i pieni poteri a favore del Rappresentante permanente presso l'UE, ambasciatore Maurizio Massari, che ha firmato a nome dell'Italia. L'Accordo è stato infine sottoscritto dalle Parti in occasione del XXV Summit bilaterale fra UE e Giappone, svoltosi a Tokio il 17 luglio 2018.

Gli obiettivi principali dell'Accordo sono il rafforzamento e l'intensificazione del dialogo su varie e numerose questioni bilaterali, regionali e multilaterali di comune interesse per le Parti. L'Accordo rafforza infatti la cooperazione politica, economica e settoriale in un'ampia gamma di settori strategici quali i cambiamenti climatici, la ricerca e l'innovazione, gli affari marittimi, l'istruzione, la cultura, la migrazione e la lotta al terrorismo, alla criminalità organizzata e alla criminalità informatica. L'Accordo ribadisce inoltre l'impegno delle Parti a salvaguardare la pace e la sicurezza internazionali attraverso la prevenzione della proliferazione delle armi di distruzione di massa e l'adozione di misure volte a fronteggiare il commercio illegale di armi leggere e di piccolo calibro.