Nel corso del 2020 la dotazione del FSC 2014-2020 è stata oggetto di impieghi anche per effetto di disposizioni legislative intervenute con carattere d'urgenza per fronteggiare esigenze connesse all'emergenza epidemiologica da Covid-19.
L'articolo 241 del D.L. n. 34 del 2020 (c.d. decreto rilancio) ha autorizzato per gli anni 2020 e 2021 l'utilizzo in via eccezionale delle risorse del Fondo Sviluppo e Coesione (FSC) - rivenienti dai cicli programmatori 2000-2006, 2007-2013 e 2014-2020- per qualsiasi tipologia di intervento connesso a fronteggiare l'emergenza sanitaria, economica e sociale conseguente alla pandemia da Covid-19. A tal fine, la Cabina di regia è stata autorizzata a procedere all'approvazione di tali riprogrammazioni, delle quali viene data apposita informativa al CIPE da parte dell'Autorità politica delegata per le politiche di gestione.
Tale possibilità è stata introdotta in coerenza con la facoltà di riprogrammazione che, per le stesse finalità, è stata concessa alle amministrazioni nazionali, regionali o locali nell'ambito dei Programmi operativi dei Fondi strutturali e di investimento europei (SIE) 2014-2020. In particolare, con il Regolamento (UE) 2020/558 
è stata autorizzata la riprogrammazione dei Programmi dei Fondi strutturali 2014-2020 per certificare le spese per l'emergenza Covid-19 al tasso di cofinanziamento UE al 100%.
, in particolare, nel modificare i regolamenti (UE) n. 1301/2013 e (UE) n. 1303/2013, ha introdotto misure specifiche volte a fornire flessibilità eccezionale nell'impiego dei fondi strutturali e di investimento europei in risposta all'epidemia di COVID-19, offrendo agli Stati membri la possibilità di richiedere l'applicazione di un tasso di cofinanziamento del 100% alle spese dichiarate nelle domande di pagamento nel periodo contabile dal 1° luglio 2020 al 30 giugno 2021, per i programmi sostenuti dal FESR, dal FSE o dal Fondo di coesione.
A seguito delle suddette iniziative europee, con l'articolo 242 del citato decreto-legge n. 34/2020 (c.d. rilancio) sono state introdotte le norme per consentire alle Amministrazioni titolari dei Programmi Operativi attuativi dei Fondi strutturali 2014-2020, da un lato di disporre di questa ampia fl
Per dare seguito alle suddette iniziative europee, l'articolo 242 del medesimo D.L. n. 34/2020 ha recato le norme per consentire alle Amministrazioni titolari dei Programmi Operativi attuativi dei Fondi strutturali 2014-2020 di disporre di questa ampia flessibilità per l'impiego tempestivo dei fondi a sostegno delle spese per l'emergenza Covid-19 e promuovere, al tempo stesso, un'azione di riprogrammazione delle risorse disponibili nell'ambito della programmazione 2014-2020, nel rispetto dei vincoli di destinazione territoriale. In particolare, la norma stabilisce che le risorse erogate dall'Unione europea a rimborso delle spese emergenziali per il periodo dal 1° luglio 2020 fino al 30 giugno 2021 – in quanto spese esclusivamente a carico della UE (100 per cento di cofinanziamento) – siano riassegnate alle stesse Amministrazioni che hanno proceduto alla rendicontazione, fino a concorrenza dei rispettivi importi, per essere destinate alla realizzazione di Programmi operativi complementari (POC) vigenti o da adottarsi, assicurando così la salvaguardia delle finalità proprie della politica di coesione.
L'utilizzo di risorse comunitarie per il finanziamento degli interventi emergenziali non previsti nei Programmi Operativi, ha reso necessario - nelle more della riassegnazione delle risorse rimborsate dall'Unione europea - reperire fonti alternative di copertura per assicurare gli impegni già assunti relativi ad interventi sostituiti da quelli emergenziali. La copertura è stata assicurata attraverso la riprogrammazione delle risorse FSC, ovvero attraverso nuove assegnazioni di risorse FSC nei limiti delle sue disponibilità, fermo restando che tali risorse rientreranno nella disponibilità del FSC nel momento in cui saranno disponibili i rimborsi dall'Unione europea.
In data 10 luglio 2020 il Ministro per il Sud e la coesione territoriale e i Ministri titolari di Programmi operativi nazionali (PON) hanno sottoscritto un protocollo d'intesa interministeriale, con il quale è stato indicato l'ammontare delle risorse di ciascun PON da destinare all'emergenza sanitaria, economica e sociale conseguente alla pandemia da COVID-19 attraverso la rendicontazione di spese emergenziali anticipate a carico dello Stato.
Nelle sedute del 28 luglio 2020 e del 29 settembre 2020 il CIPE ha approvato numerose delibere di riprogrammazione delle risorse FSC, attuative di quanto previsto dagli articoli 241 e 242 del D.L. n. 34 del 2020, illustrate nella Tabella qui riportata .
In sintesi:
- con le delibere n. 31 e 32 del 28 luglio 2020, è stata disposta la riduzione della dotazione dei Piani Operativi "Ambiente" e "Infrastrutture", rispettivamente di 361,2 e di 1.082 milioni.
- con la delibera n. 33/2020 il CIPE ha disposto la riprogrammazione dei profili finanziari annuali Piano "Diffusione Banda ultra larga" (Piano BUL) e dei Piani a carattere territoriale relativi al Mezzogiorno (cosiddetti "Patti per il Sud") con un sostanziale spostamento temporale in avanti delle assegnazioni già deliberate per le tali finalità, al fine di rendere disponibili profili di competenza per le annualità 2020 e 2021 - rispettivamente per 1.100 milioni e per 1.000 milioni - da utilizzare per prossime assegnazioni FSC a seguito dell'emergenza Covid-19, ai sensi degli articoli 241 e 242 del decreto-legge n. 34 del 2020.
- con le successive delibere (nn. 34-45, 48-49, e 59-60 del 2020) sono state approvate dal CIPE ulteriori riprogrammazioni/nuove assegnazioni per emergenza COVID, in favore di alcuni Programmi Operativi dei Fondi strutturali (PON e POR del Centro-Nord), riprogrammati per certificare le spese per l'emergenza Covid-19 al tasso di cofinanziamento UE al 100% (per circa 3 miliardi di euro).
- nel 2021, con le delibere n. 49 e 79 del 2021 sono state approvate dal CIPE (dal 1° gennaio 2021 CIPESS) ulteriori riprogrammazioni/assegnazioni per emergenza COVID, in favore dei Programmi Operativi delle regioni Abruzzo, Basilicata, Campania, Puglia e Sardegna, per oltre 600 milioni di euro.