L'architettura del sistema di governance del PNRR configura un significativo ruolo di indirizzo e controllo a livello governativo, anche con la creazione di nuovi organismi e uffici, allo stesso tempo individuando sedi di raccordo tra livello centrale e territoriale al fine di assicurare il coordinamento necessario per l'attuazione degli investimenti a livello locale.
La governance del Piano nazionale di ripresa e resilienza (PNRR) è stata definita principalmente dal decreto-legge del 31 maggio 2021, n. 77
La responsabilità di indirizzo del Piano è assegnata alla Presidenza del Consiglio dei ministri. Viene istituita una Cabina di regia 
, presieduta dal Presidente del Consiglio dei ministri, alla quale partecipano di volta in volta i Ministri e i Sottosegretari competenti in relazione alle tematiche affrontate in ciascuna seduta. La Cabina di regia esercita poteri di indirizzo, impulso e coordinamento generale sull'attuazione degli interventi del PNRR. Alle sedute della Cabina di regia partecipano i Presidenti di Regioni e delle Province autonome di Trento e di Bolzano quando sono esaminate questioni di competenza regionale o locale, nonché il Presidente della Conferenza Stato-Regioni, su questioni d'interesse di più Regioni ovvero il Presidente dell'ANCI e il Presidente dell'UPI quando sono esaminate questioni di interesse locale. Possono essere inoltre invitati, a seconda della tematica affrontata, i rappresentanti dei soggetti attuatori e dei rispettivi organismi associativi e i referenti o rappresentanti del partenariato economico e sociale. Tra i suoi compiti figura la trasmissione al Parlamento di una relazione sullo stato attuazione del Piano, con cadenza semestrale. La Cabina di regia trasmette al Parlamento, inoltre, anche su richiesta delle Commissioni parlamentari, ogni elemento utile a valutare lo stato di avanzamento degli interventi, il loro impatto e l'efficacia rispetto agli obiettivi perseguiti, con particolare riguardo alle politiche di sostegno per l'occupazione e per l'integrazione socio-economica dei giovani, alla parità di genere e alla partecipazione delle donne al mercato del lavoro (art. 2).
L'azione della Cabina di regia non fa venir meno le funzioni di indirizzo e coordinamento in capo ai Comitati interministeriali per la transizione digitale e per la transizione ecologica disciplinati dal decreto-legge n. 22 del 1° marzo 2021, i quali svolgono, sull'attuazione degli interventi del PNRR, nelle materie di rispettiva competenza, le funzioni di indirizzo, impulso e coordinamento tecnico, tenendo informata la Cabina di regia che ha la facoltà di partecipare attraverso un delegato (art. 2, comma 4).
A supporto delle attività della Cabina di regia è istituita una Segreteria tecnica, la cui durata temporanea è superiore a quella del Governo che la istituisce e si protrae fino al completamento del PNRR entro il 31 dicembre 2026. La Segreteria tecnica ha tra i suoi compiti: l'elaborazione di periodici rapporti informativi, indirizzati alla Cabina di regia; la segnalazione al Presidente del Consiglio delle azioni utili al superamento delle criticità segnalate dai Ministri competenti per materia; l'acquisizione dal Servizio centrale per il PNRR delle informazioni e dei dati di attuazione del Piano livello di ciascun progetto, anche con riguardo alla tempistica programmata e ad eventuali criticità rilevate nella fase di attuazione degli interventi; la proposta al Presidente del Consiglio dei casi da valutare ai fini dell'eventuale esercizio dei poteri sostitutivi sottoponendoli all'esame del Consiglio dei ministri; l'istruzione dei procedimenti per il superamento del dissenso (art. 4).
La Cabina di Regia, affiancata dalla Segreteria tecnica, assicura relazioni periodiche al Parlamento e alla Conferenza Unificata, e aggiorna periodicamente il Consiglio dei Ministri.
Presso la Presidenza del consiglio, inoltre, è istituita un'Unità per la razionalizzazione e il miglioramento dell'efficacia della regolazione, con l'obiettivo di superare gli ostacoli normativi, regolamentari e burocratici che possono rallentare l'attuazione del Piano (art. 5).
È istituito, poi, un Tavolo permanente per il partenariato economico, sociale e territoriale, composto da rappresentanti delle parti sociali, del Governo, delle Regioni, degli enti locali nonché di Roma capitale e dei rispettivi organismi associativi, delle categorie produttive e sociali, del sistema dell'università e della ricerca scientifica e della società civile. Partecipano inoltre rappresentanti delle organizzazioni della cittadinanza attiva. Il Tavolo svolge una funzione consultiva nelle materie connesse all'attuazione del PNRR e può segnalare alla Cabina di regia ogni profilo ritenuto rilevante per la realizzazione del PNRR, anche per favorire il superamento di circostanze ostative e agevolare l'efficace e celere attuazione degli interventi (art. 3).
Il monitoraggio e la rendicontazione del Piano sono affidati al Servizio centrale per il PNRR, istituito presso la Ragioneria generale dello Stato, che rappresenta il punto di contatto nazionale con la Commissione europea per l'attuazione del Piano. Il Servizio centrale per il PNRR è responsabile della gestione del Fondo di Rotazione del Next Generation EU-Italia e dei connessi flussi finanziari, nonché della gestione del sistema di monitoraggio sull'attuazione delle riforme e degli investimenti del PNRR, assicurando il necessario supporto tecnico alle amministrazioni centrali titolari di interventi previsti nel PNRR (art. 6). Ogni Amministrazione centrale titolare di interventi previsti dal PNRR individua (o costituisce ex novo) una struttura di coordinamento che agisce come punto di contatto con il Servizio centrale per il PNRR.
Presso la Ragioneria generale dello Stato è inoltre istituito un ufficio dirigenziale con funzioni di audit del PNRR; l'ufficio opera in posizione di indipendenza funzionale rispetto alle strutture coinvolte nella gestione del PNRR e si avvale, nello svolgimento delle funzioni di controllo relative a linee di intervento realizzate a livello territoriale, dell'ausilio delle Ragionerie territoriali dello Stato (art.7).
La legge di bilancio per il 2021 aveva previsto l'istituzione, con decorrenza dal 1° gennaio 2021, di un'apposita unità di missione presso il Dipartimento della Ragioneria generale del MEF, con il compito di coordinamento, raccordo e sostegno delle strutture del Dipartimento a vario titolo coinvolte nel processo di attuazione del programma Next Generation EU (legge n. 178 del 2020 , comma 1050). Il D.L. n. 77 del 2021 ha specificato ulteriormente le funzioni e l'articolazione organizzativa dell'unità di missione: provvede, anche in collaborazione con le amministrazioni centrali, alla predisposizione e attuazione del programma di valutazione in itinere ed ex post del PNRR, assicurando il rispetto degli articoli 19 (valutazione della Commissione) e 20 (proposta della Commissione e decisione di esecuzione del Consiglio) del Regolamento (UE) 2021/241, nonché la coerenza dei relativi obiettivi finali e intermedi; concorre inoltre alla verifica della qualità e completezza dei dati di monitoraggio rilevati dal sistema ReGiS e svolge attività di supporto ai fini della predisposizione dei rapporti e delle relazioni di attuazione e avanzamento del Piano (art. 7, commi 2 e 3).
Il sistema unitario «ReGiS» costituisce lo strumento applicativo unico di supporto ai processi di programmazione, attuazione, monitoraggio, controllo e rendicontazione del PNRR (comma 1043 della legge di bilancio 2021). Il sistema consente la puntuale verifica di target e milestone, e fornisce una vista integrata con l'analogo quadro di altri progetti in corso di realizzazione con altre fonti europee e nazionali a partire quindi dalla programmazione complementare PNRR. Il sistema si integrerà anche con i sistemi della Commissione Europea.
Alla Sogei S.p.A. (società in house del MEF) è attribuito il compito di assicurare il supporto di competenze tecniche e funzionali all'amministrazione economica finanziaria per l'attuazione del PNRR. Per tale attività può avvalersi di Studiare Sviluppo s.r.l. (società a intera partecipazione del MEF) secondo le modalità che saranno definite in specifica Convenzione, per la selezione di esperti cui affidare le attività di supporto (art. 7, comma 6).
La Corte dei conti esercita il controllo sulla gestione, svolgendo in particolare valutazioni di economicità, efficienza ed efficacia circa l'acquisizione e l'impiego delle risorse finanziarie provenienti dai fondi di cui al PNRR. Tale controllo si informa a criteri di cooperazione e di coordinamento con la Corte dei conti europea, secondo quanto previsto dall'articolo 287, paragrafo 3 del Trattato sul funzionamento dell'Unione europea. La Corte dei conti riferisce almeno semestralmente al Parlamento sullo stato di attuazione del PNRR (art. 7, comma 7). Qui i link alla prima (marzo 2022) e alla seconda (agosto 2022) relazione della Corte dei conti sullo stato di attuazione del PNRR. L'articolo 46 della legge n. 238 del 2021 (legge europea 2019-2020) ha ampliato la funzione consultiva della Corte dei conti per includervi la possibilità di rendere pareri relativamente a funzioni e attività finanziate con le risorse stanziate dal PNRR e ai fondi complementari al PNRR. Al livello centrale le Sezioni riunite in sede consultiva, su richiesta delle amministrazioni centrali e degli altri organismi di diritto pubblico nazionali, rendono pareri nelle materie di contabilità pubblica, su fattispecie di valore complessivo non inferiore a un milione di euro e assicurano la funzione nomofilattica sull'esercizio della funzione consultiva da parte delle sezioni regionali di controllo. Al livello locale le Sezioni regionali di controllo, su richiesta dei comuni, delle province, delle città metropolitane e delle regioni, rendono pareri sulle condizioni di applicabilità della normativa di contabilità pubblica all'esercizio delle funzioni e alle attività finanziate con le risorse stanziate dal PNRR e ai fondi complementari al PNRR. Qualora le amministrazioni si conformano nella loro attività ai pareri resi dalla Corte dei conti in via consultiva nella valutazione della responsabilità amminsitrativa è esclusa, in ogni caso, la colpa grave.
Alla realizzazione operativa degli interventi previsti dal PNRR provvedono i singoli soggetti attuatori: le Amministrazioni centrali, le Regioni e le Province autonome e gli enti locali, sulla base delle specifiche competenze istituzionali o della diversa titolarità degli interventi definita nel PNRR. Ciascuna amministrazione centrale titolare di interventi previsti nel PNRR provvede al coordinamento delle relative attività di gestione, nonché al loro monitoraggio, rendicontazione e controllo ed individua, tra quelle esistenti, la struttura di livello dirigenziale generale di riferimento ovvero istituisce una apposita unità di missione di livello dirigenziale generale che rappresenta il punto di contatto con il Servizio centrale per il PNRR (art. 8).
Le amministrazioni centrali titolari di interventi previsti dal PNRR assicurano che, in sede di definizione delle procedure di attuazione degli interventi del PNRR, almeno il 40 per cento delle risorse allocabili territorialmente, anche attraverso bandi, indipendentemente dalla fonte finanziaria di provenienza, sia destinato alle regioni del Mezzogiorno, salve le specifiche allocazioni territoriali già previste nel PNRR. Il Dipartimento per le politiche di coesione della Presidenza del Consiglio dei ministri, attraverso i dati rilevati dal sistema di monitoraggio attivato dal Servizio centrale per il PNRR, verifica il rispetto del predetto obiettivo e, laddove necessario, sottopone gli eventuali casi di scostamento alla Cabina di regia, che adotta le occorrenti misure correttive e propone eventuali misure compensative (art. 2, comma 6-bis).
Le amministrazioni statali devono pubblicare sul proprio sito internet una comunicazione con le informazioni essenziali riguardanti i bandi e gli avvisi destinati agli enti territoriali relativi a infrastrutture e a opere pubbliche finanziati con le risorse previste dal PNRR (D.L. n. 17 del 2022, art. 35-bis).
Si prevede il rafforzamento della Rete governativa permanente dell'attuazione del programma di Governo istituita con il compito di provvedere alla costante attuazione dei provvedimenti attuativi di norme di legge e al recupero dell'arretrato di quelli non adottati. La Rete è coordinata dall'Ufficio del programma di Governo (PCM) e costituita dai Nuclei per l'attuazione del programma di Governo che ciascun Ministero istituisce all'interno degli Uffici di diretta collaborazione, con il compito specifico di lavorare sul recupero dell'arretrato e sulla costante attuazione dei provvedimenti del Governo in carica (art. 8-bis).
Sono previsti poteri sostitutivi in caso di mancato rispetto da parte delle Regioni, delle Città metropolitane, delle Province o dei Comuni degli obblighi e impegni finalizzati all'attuazione del PNRR. Nel caso in cui sia a rischio il conseguimento degli obiettivi intermedi e finali del PNRR, il Presidente del Consiglio dei Ministri, su proposta della Cabina di regia o del Ministro competente, assegna al soggetto attuatore interessato un termine non superiore a 30 giorni per provvedere. In caso di perdurante inerzia, su proposta del Presidente del Consiglio dei ministri o del Ministro, sentito il soggetto attuatore, il Consiglio dei ministri individua l'amministrazione, l'ente, l'organo o l'ufficio, o i commissari ad acta, ai quali attribuisce, in via sostitutiva, il potere di adottare gli atti o provvedimenti necessari, oppure di provvedere all'esecuzione ai progetti (art. 12).
In caso di dissenso, diniego o opposizione proveniente da un organo statale che può precludere la realizzazione di un intervento rientrante nel PNRR, la Segreteria tecnica - se un meccanismo di superamento del dissenso non sia già previsto dalle vigenti disposizioni - propone al Presidente del Consiglio dei ministri, entro i successivi 5 giorni, di sottoporre la questione all'esame del Consiglio dei ministri per le conseguenti determinazioni. Se il dissenso, il diniego o l'opposizione provengono da un organo della Regione o di un ente locale, la Segreteria tecnica può proporre al Presidente del Consiglio dei ministri o al Ministro per gli affari regionali e le autonomie, entro i successivi 5 giorni, di sottoporre la questione alla Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le regioni e le province autonome di Trento e di Bolzano per concordare le iniziative da assumere, che devono essere definite entro il termine di 15 giorni dalla data di convocazione della Conferenza. Al termine dei 15 giorni, in mancanza di soluzioni condivise che consentano la rapida realizzazione dell'opera, il Presidente del Consiglio dei ministri, oppure il Ministro per gli affari regionali e le autonomie nei casi opportuni, propone al Consiglio dei ministri le iniziative necessarie ai fini dell'esercizio dei poteri sostitutivi (art. 13).
Le misure e le procedure di accelerazione e semplificazione delineate nel decreto per l'efficace e tempestiva attuazione degli interventi trovano applicazione anche per gli investimenti finanziati con il Fondo complementare al PNRR (di cui al D.L. 59/2021 ) e per gli investimenti contenuti nei Contratti Istituzionali di Sviluppo (art. 14).
Al fine di assicurare il coordinamento delle relazioni tra Amministrazioni statali titolari di interventi del PNRR e gli enti territoriali è stato istituito il Nucleo PNRR Stato-Regioni, presso il Dipartimento per gli affari regionali e le autonomie della Presidenza del Consiglio dei ministri, per il coordinamento delle iniziative di ripresa e resilienza tra lo Stato, le Regioni e le Province autonome di Trento e Bolzano (art. 33 del D.L. n. 152 del 2021 ). In particolare, il supporto tecnico del Nucleo riguarda le attività volte a: curare l'istruttoria di tavoli tecnici di confronto settoriali con le Regioni, le Province Autonome di Trento e Bolzano e gli enti locali; prestare supporto alle Regioni e alle Province Autonome di Trento e Bolzano nella elaborazione, coerentemente con le linee del PNRR, di un progetto avente particolare rilevanza strategica per ciascuna Regione e Provincia Autonoma, denominato "Progetto bandiera"; prestare attività di assistenza agli enti territoriali, con particolare riferimento ai piccoli comuni e ai comuni insulari e delle zone montane, anche in raccordo con le altre iniziative di supporto tecnico attivate dalle amministrazioni competenti; condividere, con le competenti strutture della Presidenza del Consiglio dei ministri, le informazioni raccolte e comunicare, d'intesa con le medesime strutture, le attività svolte, anche mediante la progettazione e gestione di uno spazio web informativo, dedicato ai tavoli di coordinamento e alle attività di assistenza agli enti territoriali.