La necessità del rafforzamento della capacità amministrativa nella gestione dei fondi europei ha portato alla definizione di un nuovo quadro di governance istituzionale per le politiche di coesione, che ha affidato alla Presidenza del Consiglio dei Ministri e alla nuova Agenzia per la coesione territoriale l'azione di programmazione, coordinamento, sorveglianza e sostegno della politica di coesione.

Oltre all'Agenzia, nel nuovo quadro operano al momento diversi soggetti istituzionali, costituiti dal Dipartimento per le politiche di coesione, da due Nuclei per la valutazione, dalla Cabina di regia e dal Gruppo di Azione Coesione, oltre che ovviamente dal Cipe.